Kdyby měly současné aplikace jinou architekturu a OS by byl uzavřený jednotný celek, možná by to šlo. Takhle má většina aplikací uživatelská data, svoje data v ProgramData, data v registrech, dost možná i data jinde v systému. Plus je tu problém s knihovnami a pokud je aplikace dostatečně sofistikovaná, pravděpodobně si do OS nahrává svoje knihovny a aktualizuje ty starší. Je tady moc prostoru pro chybu, stačí třeba jedna zastaralá knihovna a aplikace může ze zdánlivě neznámých důvodů padat. V takové situaci je mi přijde reinstal systému zbytečný, jak z bláta do louže, Dopadneš jako Chuck s CoD :D
Kdybys měl v systému jen portable aplikace, nebyl by to problém. Ale s molochy typu Adobe aplikací bych takové zacházení neriskoval. U her to má ale hezky (ne ideálně) vyřešené Steam, který si hlídá, které aplikace je potřeba nainstalovat a vstřícnější vývojáři používají i Steam Cloud k zálohování dat uživatele.