Na rozdíl od předchozích dílů série se již nejedná o plošinovku, ale o shooter a již zde nevystupuje Mario. Hlavním hrdinou hry je Stanley, hubitel hmyzu v jednom útulném skleníku. Ten si však za své útočiště vybere Donkey Kong, který během svého dovádění pod střechou rozzuří vosy a další škůdce, kteří se vrhnou na Stanleyho rostliny. Tomu pak nezbývá nic jiného, než se s plechovkou spreje proti hmyzu postavit vlnám nepřátel i samotnému Donkey Kongovi.
Kvůli změně žánru hra nenavázala na úspěch předchozích dílu. Roli v tom jistě hrála i přítomnost pouhých tří levelů, které se stále dokola opakují. Přesto však byla v Japonsku vydána rozšířená a značně přepracovaná verze Donkey Kong 3: Dai Gyakush obsahující celkem 20 nových levelů.