Trojan vypráví příběh o zlém válečníkovi Achillovi, který společně se svými nohsledy ovládl svět. To se však nelíbí hlavnímu hrdinovi jménem Ryu. Ryu je mistrem bojových umění s mečem a rozhodl se vyzvat Achilla i s jeho kumpány na souboj, aby opět nastolil světový mír a pořádek.
Ryu je na boj se zlem vybaven mečem a štítem. Na své cestě musí projít šesti lokacemi, přičemž každá má dva šéfy (uprostřed a na konci). Začíná se ve zničeném městě a finální bitva se odehrává v útrobách Achillova temného hradu.