
Metroid Prime přesouvá klasickou šablonu série Metroid do perspektivy první osoby. Opět se odehrává v částečně otevřeném světě, kde nacházíte powerupy, které vám odemykají cestu do dříve nepřístupných oblastí, ale s tím rozdílem, že 3D grafika dovolila tvůrcům z Retro Studios vytvořit daleko komplexnější svět, než jaký byl k nalezení v 2D Metroid hrách.
Schopnosti Samus až na výjimky zůstaly stejné jako v 2D dílech, dostala ale k dispozici možnost přepínat mezi módy jejího vizoru. Kromě termovize stojí za zmínku i skener, který slouží k řešení hádanek a k zapisování informací o obyvatelstvu Tallon IV a jejich příběhů.
Série Metroid Prime pokračuje druhým dílem s podtitulem Echoes.