Nájemná lovkyně Samus Aran zachytila nouzový signál fregaty vesmírných pirátů. Na ní kromě mrtvé posádky nalezla svého starého soka draka Ridleyho, kterého po krátké honičce následovala na planetu Tallon IV. Zde našla ruiny kdysi mocné civilizace Chozo a zmínky o nebezpečné látce Phazon, se kterou vesmírní piráti experimentovali. Cílem Samus je najít dvanáct Chozo artefaktů otevírající cestu ke kráteru, ve kterém sídlí zdroj Phazon korupce a učinit jí přítrž...
Metroid Prime přesouvá klasickou šablonu série Metroid do perspektivy první osoby. Opět se odehrává v částečně otevřeném světě, kde nacházíte powerupy, které vám odemykají cestu do dříve nepřístupných oblastí, ale s tím rozdílem, že 3D grafika dovolila tvůrcům z Retro Studios vytvořit daleko komplexnější svět, než jaký byl k nalezení v 2D Metroid hrách.
Schopnosti Samus až na výjimky zůstaly stejné jako v 2D dílech, dostala ale k dispozici možnost přepínat mezi módy jejího vizoru. Kromě termovize stojí za zmínku i skener, který slouží k řešení hádanek a k zapisování informací o obyvatelstvu Tallon IV a jejich příběhů.
Série Metroid Prime pokračuje druhým dílem s podtitulem Echoes.
Metroid Prime 4. Tipl bych to na crossgen titul už.