Počátky studia Unknown Worlds Entertainment sahají do května 2001, kdy byla založena Charliem Clevelandem skupina vývojářů, kteří se postarali o modifikaci Natural Selection ke hře Half-Life. Tato modifikace měla úspěch a podnítila Clevelanda, aby začal pracovat na jeho sequelu, a to Natural Selection 2. Krátce poté založil studio Unknown Worlds Entertainment.

Hra Natural Selection 2 vyšla v roce 2012, ale cesta k jejímu vydání byla složitá. Aby vývoj hry byl zafinancován, vydalo studio roku 2006 hru Zen of Sudoku, což je logická hra založená na fenoménu Sudoku. Také se v průběhu vývoje Natural Selection 2 změnil engine, který studio používalo. Přešli totiž ze Source enginu na svůj vlastní engine - Spark engine (původně Evolution, ale tento název byl již zabrán).

Roku 2013 byl oblíbený po celém světě Minecraft, ke kterému se Unknown Worlds Entertainment chtěli přiblížit svojí vlastní hrou určenou původně pouze pro mobily, která se měla odehrávat v podmořském světě. A tím začala práce na hře Subnautica. Zpočátku první prototyp hry vypadal tak, že hráč měl ovládat ponorku, ale protože žádná další náplň ve hře nebyla, tak byl prototyp svržen ze stolu tím, že je to moc nudné. Následně tým přidal to, že při hlubším potápění měl hráč pociťovat strach a úzkost z hloubky a z toho, že se v důsledku zvýšeného tlaku začíná ponorka zaplavovat vodou.

Brzy se ovšem ukázalo, že studio přichází s plno novými a dobrými nápady, na které mobilní platforma nestačí. Najali tedy další členy do svého týmu, začali vytvářet hru pro PC a vydali na svém webu demo, které jim svým prodejem pomohlo k dalšímu vývoji. Poté vydali Early Access verzi, která zdárně vyšla v plné verzi roku 2018.

Nyní studio pracuje na pokračování Subnautica: Below Zero.