Autoři první verze hry původně pracovali na jiné střílečce - Nexuiz. Po neshodách uvnitř týmu se někteří z vývojářů odtrhli a začali pracovat na Xonoticu. Základ neshod spočíval v tom, že vedení týmu kolem hry Nexuiz chtělo vydat komerčně prodávanou verzi hry i přes to, že po celou předchozí dobu šlo o hru s otevřenými zdrojovými kódy. Autoři kódu to tak chápali jako zradu a pokus o vydělávání na jejich dobrovolné práci.
Část souborů ve složce s hrou Xonotic má stále v názvu slovo "nexuiz".
Část souborů ve složce s hrou Xonotic má stále v názvu slovo "nexuiz".