70 let trvající válka stále nemá dohledného konce, tudíž lidstvo stvoří umělou inteligenci zvanou Killer Operating System, která má ukončit léta zmaru a nastolit světový mír. Vše se povede dle plánu a lidstvo tak směřuje k utopické společnosti, kde se rozhodne, že se zlikvidují veškeré zbraně, aby se stejná situace již neopakovala. Problém však nastane v momentě, kdy je zmíněný K.O.S. považován také za zbraň a tudíž by měl být zničen též. Umělá inteligence je si vědoma svého blížícího se zániku a rozhodne se vytvořit si vlastní armádu odhodlanou postavit se téměř neozbrojenému lidstvu.
Red Alarm je 3D shoot 'em up arkáda rozdělená do šesti úrovní, přičemž na konci každé z nich čeká souboj s bossem. Hráč usedne do vesmírného letounu vybaveného lasery i naváděnými raketami, který lidstvu poslouží jako jedna z posledních nadějí. Kamera lze během hry přepínat jak do first person, tak i do third person pohledu a při úspěšném splnění každé mise hra nabízí možnost přehrát si záznam hraní z několika režimů kamery.