Po poražení Armagona se hrdina vrací zpět na Zemi, situace je však horší než předtím. Quake zjevně uvedl v chod další ze svých zlých plánů a změnil samotný chod času. Ranger se tedy znovu vydává do temných říší, aby zlu jednou provždy učinil přítrž.

Po Scourge of Armagon druhý oficiální datadisk do úspěšné řežby Quake přináší opět nové jak singleplayerové, tak multiplayerové levely, monstra a zbraně, respektive alternativní munici do již dříve dostupných zbraní, jako jsou multirakety a tříštivé granáty. Zajímavou inovací je Grappling Hook, použitelný pouze v multiplayeru, pomocí kterého se hráč může zachytávat na stěnách a zrychlovat svůj pohyb.