Zoner software byla založena v roce 1993 Milanem Behronem spolu s Romanem Slavičinským a jejím hlavním záměrem byl vývoj grafického editoru Zebra a v dnešní době tvorba grafických programů. Díky úspěchům na českém trhu se tyto programy začaly šířit i do zahraničí (Německo, Japonsko, Velká Británie, USA, Itálii, Francie).
V roce 1994 společnost vydala zatím jedinou hru na principu Pac-Man s názvem Pampuch.
Mezi hlavní úspěchy společnosti patří: program pro čárové kódy Zoner Barcode Studio, vektorový grafický editor Zoner Callisto a program pro správu, editaci a publikaci digitálních fotografií Zoner Photo Studio.