Druhá část trilogie Xenosaga navazuje přímo na tu první. Shion, na palubě Elsy, dorazí na planetu Second Miltia, kde neochotně předá androida KOS-MOS svému zaměstnavateli, společnosti Vector. Netrvá dlouho a Shion, i její přátelé, se stanou součástí komplotu několika organizací hledajících dlouho ztracenou kolébku lidstva, planetu Lost Jerusalem.

Hra se v mnohém liší od svého předchůdce. Předně autoři zvolili nový vizuální styl, který původně manganoidním postavám dodává dospělejší vzezření. Soubojový systém se inspiruje první epizodou. Jednání postav je opět ovlivněno jejich AP body, avšak každý z útoků má atribut určující kam daný útok míří (dolní, střední či horní). Ten je klíčový pro úspěšné dokončení kombinačních úderů.