V prvním dílu sci-fi RPG trilogie Xenosaga sledujeme osudy vědkyně Shion a jejího projektu, androida KOS-MOS. Vesmírná loď, kde pracuje je během posledních testů KOS-MOS napadena nepřátelskou formou života zvanou Gnosis. Shion čelí jisté smrti, když se android nečekaně aktivuje a zachrání jí život. Jejich výzkumná loď je zničena, jsou ovšem zachráněni posádkou, v okolí zrovna prolétávající, lodi jménem Elsa.

Souboje probíhají tahově a přebírají několik prvků ze svého duchovního předchůdce, hry Xenogears. Každá ze tří boje se účastnících postav má k dispozici útoky na blízko a na delší vzdálenost. Hráč je může nastavit a, podle své libosti zařadit, do combo sérií. Každý z útoků ubírá postavě AP body, které si lze také šetřit do pozdějších fází boje.