Sága série Total War pokračuje ve starověkém světě s titulem zasazeným do legendami opředené Trójské války, odehrávající se přibližně mezi roky 1260 a 1180 před Kristem. Stejně jako v předešlých dílech, i Troy je rozdělená na dva hlavní herní režimy – strategický, kde ovládáme celou frakci, její ekonomiku a politiku v tahovém režimu a bojový, kde na mapě v reálném čase velíme tisícům vojáků a snažíme se porazit protivníkovy armády, bránit nebo dobýt město.

Celý konflikt Trójské války začíná, když trójský princ Paris unese spartskému králi Meneláovi jeho ženu Helenu a odpluje s ní do Tróje v Malé Asii. Meneláos získá podporu svého bratra mykenského krále Agamemnóna, který v dobytí Tróje vidí své vlastní zájmy. Pod záštitou Agamemnóna se shromáždí i ostatní podrobení řečtí králové, kteří shromáždí vojsko a vyplují se svou armádou do dnešního Turecka, aby oblehli Tróju. Legendární příběh Trójské války začíná.

Ve hře se ukáže celá řada legendárních osobností Trojské války, jako je například mýty opředený Achilles, údajně největší bojovník své doby, Hektor a další králové řeckých království.