Tajemný Vaati proměnil princeznu Zeldu v kámen a zničil meč Picori Blade, chránící království Hyrule před invazí příšer. Jelikož rasu miniaturních mužíků Picori, kteří meč vyrobili, dokáží vidět jen děti, je králem na výpravu za záchranou Hyrule vyslán kovářův syn Link. Při své cestě zachrání Ezla, podivné stvoření připomínající zelený čepec, který ho obdaří schopností zmenšit se na velikost picoriho. Společně se musí vydat do všech koutů Hyrule a získat elementální artefakty, které dokáží ze zničeného meče udělat legendární Four Sword, schopný zničit Vaatiho.

Dvanáctý díl série The Legend of Zelda nijak nevybočuje z formátu daného předchozími díly. Hlavní mechanikou je tentokrát možnost zmenšovat a zvětšovat se, což je často využíváno při průchodu dungeony a při řešení puzzlů. Důležitým prvkem je také sbírání tzv. Kinstones, které můžete vyměňovat s ostatními postavami ve hře a při spojení dvou polovin jednoho Kinstones dojde k nějaké změně v herním světě - objeví se truhla, otevře se cesta dál a tak dále.