Po porážce pěti kyborgů v předchozím díle dorazí na Zemi UFO s profesorem Bagurou, jejich tvůrcem. Profesor je oživí a pošle na pět planet demontovat čipy z mateřských počítačů. Bomberman je tak musí opět porazit, najít čipy a nakonec zastavit samotného Baguru. Příběhový režim je dostupný až pro dva hráče a nabízí 6 světů. Poslední úroveň je vždy souboj s bossem.

Hratelnost se neliší od předcházejících dílů. Multiplayerový režim Battle je dostupný až pro pět hráčů. Nabízí více módů hry a opět 12 specifických úrovní. Podobně, jako v Mega Bombermanovi, je k dispozici 8 hratelných postav představujících různé státy - Japonsko, USA, Anglii, Francii, Keňu, Čínu, Rusko a Mexiko.

Grafická stylizace vychází z dílů Bomberman '93 a '94 (Mega Bomberman). Super Bomberman 3 je prostřední díl ze série pro konzoli SNES.