Covenant navazuje na špatný konec v Shadow Hearts a odehrává se o rok a půl později. Zuří první světová válka a důstojnice německé armády Karin Koenig má asistovat vatikánskému knězi s exorcismem démona ve francouzském městě Domremy. Tímto démonem není nikdo jiný než protagonista předchozího dílu Yuri. Kněz dokáže Yuriho vážně poranit, ale zároveň odhalí svou příslušnost ke společenství Sapientes Gladio toužícímu po světové nadvládě. Karin pomůže Yurimu uniknout a nedobrovolní spojenci se musí pokusit o záchranu světa.

Hra zásadně vylepšuje tahové souboje svého předchůdce pomocí společných útoků a možností nastavit Judgment Ring podle uvážení. Pokud například hráč zmenší zónu pro úspěšné provedení příkazu, tak daný útok zároveň posílí. Totéž platí i pro kritické zóny a zvláštní schopnosti.

Po vydání původní verze vyšla, pouze v Japonsku, i The Director's Cut edice. Obsahuje nové dungeony, postavy a rozšíření některých scén. Shadow Hearts: Covenant se dočkala i pokračování Shadow Hearts: From the New World, které ovšem nemá na předešlé díly žádnou příběhovou návaznost.