Pokračování Puzzle Quest: Challenge of the Warlords se už neodehrává ve fantasy světě, ale ve zbrusu novém sci-fi prostředí, kterému vládnou čtyři megakorporace. Jedna z nich provádí experimenty, které by mohly ohrozit celé lidstvo - a vy jim v tom musíte zabránit.

Hlavní změnou v mechanismu hry je to, že místo čtvercové mřížky máte šestiúhelníkovou. Místo kouzel získáváte nové vybavení vaší lodě, modré dílky slouží k dobíjení vašeho štítu (v prvním díle to byla jedna z barev many) a lebky byly nahrazeny minami, které udělují tolik poškození, kolik je na nich napsáno (místo stálého čísla v prvním díle). Kromě klasických bojů v PQ: G také najdete hackovací, craftovací a těžební minihry.