Ninja Gaiden III byl nominován na nejlepší hru roku 1991 magazínu Nintendo Power ve třech kategoriích. Hra získala nejvyšší ocenění v kategorii Best Challenge (NES). Kategorie Best Graphics and Sound (NES) znamenala pro NGIII druhé místo za Battletoads a v celkovém součtu nejlepších NES her Best Overall NES získal třetí místo za Battletoads a Tecmo Super Bowl.