ELEX II se odehrává pouhých několik let po událostech z prvního dílu. Hlavní hrdina Jax si žije spokojený samotářský život na planetě Makalan, ale v tom se z nebe vyřítí nová hrozba v podobě divokých Skyandů a nové dobrodružství je na světě. Jax musí nejen ochránit svou rodinu, ale také sjednotit několik nepřátelských frakcí v boji proti společnému nepříteli.

Frakcí je tentokrát pět, ale jak je u Piranha Bytes zvykem, připojit se lze pouze k jedné. Novinkou je ale i možnost dohrání bez přidání se k frakci, čímž si ale hráč zablokuje možnost získat některé pokročilé vybavení a dovednosti.

Hra nabízí obrovský svět, který je možné procházet bez jediné nahrávací obrazovky. Vývojáři se rovněž chlubí pokročilou simulací, díky které mají hráčova nejrůznější rozhodnutí vliv na celý svět, na základě kterých se lze dopracovat i k různým koncům. V průzkumu bude, stejně jako v prvním dílu, Jaxovi pomáhat jetpack, jenž bude možné v průběhu hry vylepšovat.