Osamocená loď rebelů prchající před armádou Impéria ztroskotá u vzdálené planety Ninevah. Na planetě má ovšem základnu nemilosrdná imperiální tajná policie zvaná Shadowhand, která tu provádí tajné experimenty s novým typem umělé inteligence, jejichž úspěch by mohl mít významný dopad na vývoj konfliktu. Naštěstí se tu ovšem nachází také zbytky dávné civilizace Xenitů a jejich bojových zvířat. Podaří se rebelům z Freedom Guard získat Xenity na svou stranu a zničit základnu Shadowhandu?

Datadisk ke hře Dark Reign: The Future of War přinesl dvě nové kampaně po sedmi misích. Jak už vyplývá z nastínění příběhu, máme tu dvě nové frakce, Xenites a Shadowhand, díky tomu i několik nových jednotek a budov. Kromě singleplayerové kampaně datadisk obsahoval asi 100 multiplayerových map, z nichž některé byly vytvořeny fanouškovskou komunitou, a vylepšený editor map. Datadisk není standalone a k jeho instalaci je potřeba původní hra Dark Reign: The Future of War.