Planetu Zemi ohrožuje obří mateřská loď Vorticonů, kteří ji chtějí vyhodit do povětří. Spásu může zajistit jedině Commander Keen. Nenápadně se proplíží na palubu, aby mohl postupně vyřadit z činnosti všechna její útočná zařízení…

Druhý díl úvodní trilogie vyšel současně s prvním dílem, takže základní koncept nedostál žádným změnám. Keena nicméně čekali noví nepřátelé, proti nimž získal k dispozici i několik originálních vychytávek. Nejzásadnější byla možnost vypínat světla a využívat tmy k nenápadným přesunům. Netřeba dodávat, že druhý díl také významně přitvrdil v obtížnosti.