MAT (zkratka pro Mission: Alien Termination), kterého hráč ovládá, není jen ledajaký kluk. Je to souhrnný název pro všechno vědění z oblasti vědy, armádní taktiky a vesmírného boje, které je implantováno do těla třináctiletého chlapce. Ten pilotuje prototyp vesmírné lodi USS Centurion a jeho úkolem je zachránit Zemi před mimozemskými nájezdníky Myony.
Hra se odehrává z pohledu pilotní kabiny a hráč má k dispozici krom pohledu předního i pohled zadní, který se automaticky přepíná, pokud je zapnutý naváděcí počítač. Mimozemských lodí jsou tři druhy – fighters (které pronásledují hráče okamžitě), cruisers (které útočí pouze na kratší vzdálenosti) a konečně starbases (jenž útočí sice okamžitě, ale pokud jsou jejich štíty zničeny, tak se stáhnou). Zdraví hráče, respektive jeho lodi, je znázorněno energií a pokud její hodnota klesne na 0, je zničena a hra tak končí. V případě poškození motorů, zbraní a přístrojů lodi je možné přistát na planetě a opravit si potřebné části.
Ve hře je i strategická část, která je představena používáním solární mapy a módu skenování daného sektoru mapy. Ten ukazuje planetární systém, zobrazuje planety, měsíce, jednotky Myonů, obranných jednotek a tzv. warpgates. Pomocí nich může hráč cestovat mezi jednotlivými sektory a pomocí stargates mezi jednotlivými planetárními systémy.