Otec Mary Jane je již desítky let nezvěstný, když ji kontaktuje jeden z jeho nejstarších přátel, aby svého otce vypátrala. Před svým zmizením hledal otec Mary Jane magickou loď Prokletá růže. Pátrání zavede Mary Jane a jejího nového přítele Jacka přímo do pirátského dobrodružství v Karibiku.

Uncharted Tides je klasická hidden object adventura, ve které hráč hledá předměty, luští logické hádanky a odkrývá tak postupně herní příběh. Ten se tentokrát odehrává ze dvou úhlů pohledu, Mary Jane a Jacka, které se v průběhu hry několikrát prostřídají. Protože Jack je řemeslem zlodějíček, je jednou z mechanik ve hře také vyháčkování zámků.

Hra má tři základní úrovně obtížnosti, které především ovlivňují, jak často může hráč využít nápovědu nebo přeskočit logickou hádanku. Kromě samotné nápovědy je tu také možnost využít mapy, která zobrazuje všechny aktivní lokace, kde je ve hře možné pokročit.