The Centennial Case: A Shijima Story zavedie hráča do sídla rodiny Shijima, kde polícia našla pod stromom zakopanú kostru neznámej osoby. Hlavnou hrdinkou je úspešná spisovateľka krimi románov Haruka Kagami, ktorá je pozvaná na miesto činu, aby sa pod zámienkou napísania nového diela zúčastnila tradičného rodinného obradu prebiehajúceho raz za sto rokov. Jej skutočnou úlohou je však odhaliť identitu mŕtvej osoby a súčasne vypátrať pravdu o existencii ovocia nazvaného Tokijiku, ktoré údajne zabraňuje prirodzenému starnutiu. Podarí sa jej splniť túto neľahkú úlohu?

Po stránke hrateľnosti ide o interaktívny film, rozdelený do viacerých kapitol a odohrávajúci sa v troch rôznych časových obdobiach. Spracovaný je v FMV štýle, čiže dej sa odvíja prostredníctvom filmových scén so skutočnými hercami. Okrem ich sledovania a a výberu dialógových možností však musíte i zaznamenávať stopy, cez ktoré budete vytvárať hypotézy v myšlienkovom paláci. Iba s jeho pomocou totiž môžete dešifrovať konkrétne zločiny, kde vždy existuje iba jedno správne riešenie.