Pokračování Tales of Xillia začíná rok po konci prvního dílu. Ludger Will Kreshnik, stejně jako všichni členové jeho rodiny, má schopnost vidět a ničit paralelní dimenze. Ludger se zaplete do únosu vlaku, při kterém zachrání malou dívku Elle, hledající legendární zemi Canaan. S pomocí Judea, hrdiny předchozí hry, dokáže únosu zabránit, ovšem za cenu vážných zranění. Život mu zachrání společnost Spiritus. Výsledkem se ale Ludger zadluží a svůj dluh může splatit jen prací pro Spiritus. Ta hodlá využít jeho jedinečného daru ke svému prospěchu.

Postupem času se ke skupině připojí všechny postavy z předchozí hry. Real-time soubojový systém vychází ve velkém z původního dílu, včetně možnosti "linkování" dvou charakterů. V některých pasážích je hráči nabídnuta možnost rozhodnutí. Svými volbami pak ovlivní vztah s ostatními bojovníky a tím může zlepšit, či naopak zhoršit, jejich bojové vlastnosti.