Pokračovanie Syndicate kráča v stopách svojho predchodcu. Stále je to akčná/strategická hra z cyberpunkového sveta, v ktorom sa ako hlava jedného z dvoch syndikátov (Eurocorp alebo Church of the New Epoch) snažíte získať kontrolu nad svetom. Za pomoci tímu svojich agentov plníte 60 misií rozprestretých v 30 mestách.

Potom čo si vyberiete štyroch agentov na misiu, dostanete sa do plne 3D mesta, v ktorom plníte zadané ciele. Tak ako vo svojom predchodcovi, i v Syndicate Wars môžete svojich agentov vyzbrojiť rôznymi zbraňami, vylepšovať ich, aby boli schopnejší a odolnejší. Samozrejmosťou je aj množstvo zbraní a možnosť nastúpiť do dopravných prostriedkov.