Pokračovanie real-time stratégie Star Trek: Armada začína šesť mesiacov po skončení prvej hry. Borgovia opäť ohrozujú bezpečnosť Alfa Kvadrantu, pomocou novej lode schopnej asimilovať celé planéty za niekoľko sekúnd. Vedenie operácie na zničenie Borgov sa ujíma kapitán Picard. Sústredenie väčšiny flotily na boj s Borgami využívajú Cardassiani, ktorých podporujú Romuláni. Bez prítomnosti hlavných síl federácie sa im musia postaviť Klingoni na čele s kancelárom Martokom.

Systém hry ostal takmer nezmenený, avšak predstavil niekoľko vylepšení a menších zmien. Posádku je teraz možné získavať nielen zo staníc, ale aj kolonizovaných planét. K ťažbe dilítia pribudli dve nové suroviny – latinum a kov. Kov sa ťaží z planét, latínium sa získava buď obchodovaním alebo ťažením zo špeciálnych hmlovín. Cardassiani, Romuláni a Klingoni sú viac závislý na využívaní latínia ako Federácia, ktorá túto surovinu takmer vôbec nepotrebuje.

V hlavnej kampani sa hráč postupne ujme kontroly nad Spojenou federáciou planét, Klingonskou ríšou a Borgami. V prípade multiplayer hier, či skirmishov sú potom k dispozícii ďalšie tri strany: Cardassiani, Romuláni a Druh 8472.