Hra obsahuje propracovaný příběh a lore. Bohužel hodně informací je skryto někde na pozadí. Akční intro hry jako úvod do děje moc nepomůže, ale už tady je skrytá velmi zásadní informační hodnota. Stačí ponechat hru běžet na startovní obrazovce zhruba půl minuty a potom se automaticky spustí intro číslo dvě, které je tím pravým úvodem do děje. Také se potom změní úvodní obrazovka hry.
Úvod do příběhu Resonance of Fate. (Bohužel to přímo ze hry je dost těžko rozpoznatelné)
Před tisíci lety byla Země tak znečištěná, že se podobala pustině. Důvod není znám, je ztracen v historii (možná jaderná válka). Lidé postavili kolosální věž jako megalomanský čisticí mechanismus, ale její dokončení trvalo velmi dlouho a vše se zhoršovalo, než zlepšovalo, a nakonec byla věž jediným čistým místem na světě, kde šlo žít. Rakovina šla skrz populaci, jako mor, než někdo vymyslel způsob, jak spojit lidské životy s křemenem, minerálem, jehož rozsáhlá ložiska existovala pod Baselem, prostřednictvím superpočítače Zenith. To uzdravilo lidi s rakovinou, ale kvalita jejich osobního kusu křemene nyní určuje jejich délku života, maximum je někde kolem sto let. Protože to bylo podobné normální lidské délce života, nebyl to problém, ledaže by se křemen měl rozbít dříve než se přirozeně zhoršil. Když byly životy lidí spojeny s Baselským superpočítačem Zenith, ztratilo se také něco jiného. Lidé byli „odříznuti“ od světa mimo Basel nejen geograficky, ale i mentálně a duchovně.
Basel nikdy nebyl zamýšlen jako místo pro život lidí, jeho funkcí byl stroj, který léčí svět před znečištěním. Není to tedy vhodné místo k bydlení, zejména po tisíce let. Kdo postavil Basel a za jakým účelem je zahaleno tajemstvím, a mnozí věří, že Basel byl postaven samotným Bohem jako útočiště pro svůj lid. Protože stavitelé Baselu jsou dávno pryč, nikdo v současné době neví k čemu je Basel vůbec vhodný, ani jak jej udržovat či opravit. Rychle se zhoršuje, mnoho oblastí nefunguje úplně, spodní úrovně se zhoršují rychleji než horní úrovně. Vědělo se, že očištění světa bude trvat velmi dlouho, a tak byl zamýšlen autonomní provoz po tisíce let bez nutnosti lidského zásahu. Lidé žijící mezi úrovněmi věže Baselu nejsou o nic moudřejší, protože znalost toho co existovalo předtím, se ztratila. Některé tradice přetrvávají, například Vánoce, i když se jejich vztah ke křesťanství ztratil..
Před dvaceti lety byla Frieda prelátkou Baselu a její pravou rukou byl kardinál Rowen. Společne usilovali o mír a klid a lidé k nim vzhlíželi. Rowen byl do Friedy zamilovaný a možná byl i její milenec. Lidé na nižší úrovni hloubili do Baselské základny doly při hledání rubínů (používaných v Baselu jako měna) a dalšího bohatství, při tom narazili na křemennou žílu a nerozuměli jejímu účelu, a tak kopali dále. V té době se začal objevovat syndrom náhlého umrtí mezi všemi skupinami lidí, když horníci kopali křemenným ložiskem. Lidé si nebyli schopni ten fenomén vysvětlit, a tak se obrátili k náboženství, protože věřili že spontánní smrt je poselstvím od Boha. Lidé začali být velmi nábožní, přesto se zdálo že Bůh na jejich modlitby neodpovídá.
Sullivan a Juris byli dva muži kteří žili v nižších úrovních Baselu. Na rozdíl od většiny lidí studovali věž a snažili se rozeznat její účel. Sullivan byl v tomto ohledu zvláště génius. Tvrdil, že kdyby jste mohli zpětně analyzovat Basel, dokázali by jste zázraky. Jejich odbornost je velmi rychle katapultovala do vyšších pater Baselu, mezi bohaté a smetánku.
Poté co Frieda zemřela, Sullivan ukázal Rowenovi, který byl dalším v pořadí preláta, počítač Zenith na vrcholu Baselu a vysvětlil důvod proč Frieda a ostatní oběti zemřely. Rowen byl sklíčený a jeho víra v Boha byla otřesena. On sám i Frieda a všichni ostatní lidé byli oddanými Božími následovníky, přesto je tento stroj ten který chladně rozhoduje o době jak dlouho kdo bude žít? Tento stroj je to k čemu se lidé modlili? Rowen chtěl věřit že v životě existuje něco „více“, nějaká vyšší moc. Bůh, který se stará o lidi a má větší plán, ale toto zjevení to rozbilo. Ačkoli Rowen nikdy nepřijal hodnost preláta stal se de facto vládcem Baselu. Jako první zakázal všechny těžební expedice a horníci kteří věděli o křemenné žíle, dostali obrovské tajné úplatky. Horníci využili vzácnou šanci na vzestup ve společnosti a přesunuli se z nižších úrovní výše, a jejich předchozí vrstevníci je již nikdy neviděli. Obyvatelé na nižší úrovni zuřili, protože se jim zdálo že jim byl právě odepřen jejich hlavní zdroj příjmů jen z důvodu aby je udržel chudé. Když se těžba zastavila, skončily i případy spontánní smrti.
Jednota, kterou si Frieda mezi kardinály kultivovala, byla ztracena. Každý kardinál měl svůj vlastní nápad jak zlepšit Basel, a začal pracovat na svých soukromých projektech. Kardinál Theresa chce pomoci lidem prostřednictvím charity a organizuje akce jako je rozdávaní polévky na nižších úrovních a rozdávání dárků všem dětem na Vánoce. Kardinál Antourion ustoupil ze společnosti a pohřbil se ve výzkumu. Kardinál Garligiano zasvětil svůj život tvorbě umění.......
A tady hra začíná.
