Jde o pokračování hry Rebelstar od Juliana Gollopa, tvůrce původního XCOMu. Hráč se opět ujímá vedení jednotky Rebelstar Raiders a jeho cílem je společně s touto jednotkou infiltrovat se na základnu mimozemšťanů na planetě Thray 6, ukrást jejich vejce za výzkumným účelem, která brání královna, a utéct s nimi pryč. Na tento úkol má hráč časový limit.

Rebelstar II: Alien Encounter je tahovou strategií a celý svět včetně postav je viděn pohledem shora. Každý z vojáků disponuje určitým počtem akčních bodů, výdrží a morálkou. Hráč má na výběr, jakou akci s daným vojákem provede - jestli bude interagovat s objektem či použije zbraň. Mezi nepřátele, které hráč potká, nepatří jen mimozemšťané, ale také zvířecí obyvatelé planety, jako jsou například krysy. Na hráče pak čeká různorodé prostředí, kdy naráží na lesy, močály a konečně i na základnu mimozemšťanů.