Prostřední část The Day After pokračuje v minule rozehrané partii a nechává charaktery z nepovedené "větve" multiversa Muv Luv, v níž tváří v tvář záhubě vzorek lidstva opustil zemi, aby uchoval život alespoň mimo planetu, bojovat za své zájmy na území Ameriky, a to znovu optikou vojenské jednotky Wardog pod vedením veterána Hibikiho, zodpovídajícího se Jinguuji Marimo.

V Resurrection, zasazeném měsíc před události Muv-Luv Alternative, infiltruje jokohamskou základnu kybernetický voják Silvio Orlandi ve snaze shromáždit tajné informace o projektu Alternative IV. Potýkat se bude s jednotkou Valkýr profesorky Kouzuki, které mu misi znesnadní i zpříjemní zároveň.

Fanouškovský obsah dále skýtá zvukové záznamy, wallpapery a upoutávku na anime Muv-Luv Alternative: Total Eclipse.