Důležitým aspektem vedení války byly již od starověku námořní bitvy. Vždyť porážce Peršanů v bitvě u Salamíny mohlo Řecko vděčit právě své námořní nadřazenosti. Taktická válečná hra Mare Nostrvm se zaměřuje na simulaci těchto antických bitev galér vybavených tzv. klounem, který sloužil k prorážení boku nepřátelských lodí při čelním útoku. K dispozici je jednak řada historických kampaní (koloniální války, řecko-perské války, peloponéské války, války diadochů, první punské války, druhé punské války, syrské války, bitvy proti pirátům a římské občanské války), dále možnost si bitvy dle zadaných parametrů generovat a nakonec i multiplayer.

Samotné bitvy probíhají tahově na hexové mapě v systému WEGO, kdy se pohyb a útok nejprve plánují, aby pak byly akce hráče i protivníka provedeny zároveň. Tento systém tedy nutí myslet více dopředu a chování nepřítele předjímat. Aspekty, které ovlivňují vedení bitvy, jsou jednak specifický pohyb lodí dle toho, jestli mají vesla nebo plachty; dále již zmíněná možnost prorážení boku lodí klounem; potom například hákování, střelba z luků či vrhání hořlavin. Armády mají své velitele se specifickými vlastnostmi a do hry vstupuje i únava nebo počasí (déšť či mlha).