Ve městě Kawami se schyluje k velké události. Nadnárodní korporace Kuki zveřejňuje svůj plán Bushido. Pomocí DNA vytváří klony největších japonských hrdinů z minulosti a pomalu je chce začlenit do moderní společnosti, kde se mají v budoucnu ujmout vlády. První z nich nyní nastupují do školy, do které dochází Yamato a jeho přátelé. Začíná tak série neočekávaných událostí rozhodujících o budoucnoti celého světa.

Pokračování Majikoi, Do Love Me Seriously! navazuje přímo na události původní hry. Hráč má možnost vybrat si, zda-li chce pokračovat po závěru některé z cest původních hrdinek, nebo začít bez vztahu, čímž si zpřístupní hned pětici nových postav. Stejně jako první díl, tato erotická vizuální novela nikdy nevyšla oficiálně v anglickém jazyce. K dispozici je však neoficiální překlad pomocí patche.