Link's Crossbow Training je střílečka z pohledu třetí a první osoby, která nabízí celkem devět úrovní. Ty jsou rozděleny na tři části, kdy první dvě spadají do podžánru rail shooter, a je v nich tedy veškerý pohyb postavy mimo míření automatizován a ve třetí části je pohyb omezen jen okolním prostředím. Na konci posledních dvou úrovní hráče čeká souboj s bosem.

Hra je zasazena do prostředí The Legend of Zelda: Twilight Princess a obsahuje řadu stejných nepřátel i dalších prvků. Hlavním herním režimem je Score Attack, kde hráč postupně projde všemi devíti levely a snaží se dosáhnout co nejvyššího skóre sestřelováním terčů, nepřátel a dalších předmětů. Za překonání určité bodové hranice je hráč na konci každého levelu ohodnocen buď bronzovou, stříbrnou, zlatou nebo platinovou medailí. V režimu více hráčů mezi sebou protivníci soupeří o lepší skóre a režim Practice nabízí možnost vyzkoušení kterékoli části jednotlivých levelů.

Součástí balení hry je nástavec Wii Zapper, na nějž se upevní ovladač Wii Remote spolu s Nunchuckem, čímž dojde k vytvoření jakési makety obouruční zbraně (v tomto případě kuše). Link's Crossbow Training slouží především jako prezentace Zapperu, který byl v Japonsku uveden na trh měsíc před vydáním hry a ve zbytku světa současně s tímto titulem.