Mocný bůh Odin se čas od času ubere do hlubokého spánku. Během této doby mu sobecký bůh Loki ukradl oblíbenou zemi jménem Midgard a osídlil ji nejrůznějšími příšerami. Odin má ale syna - Thora, boha hromů, který odcestuje do Midgardu, aby se s pomocí svého kladiva Mjolnir utkal s Lokim a získal zpět otcovu zemi.

God of Thunder je akční hra s příměsí logických puzzlů. Thor prozkoumává Midgard a buď s pomocí svého kladiva nebo blesků bojuje s nepřáteli. Thor ale na svých cestách musí řešit i spoustu nejrůznějších hádanek, od prostého přeskupování několika objektů, až po složité úkoly, které zaberou klidně celou obrazovku.

Většina hry je viděna z pohledu shora, ale jsou zde i pasáže, ve kterých se ze hry stává klasická plošinovka.