Ve hře Fly and Destroy budete ovládat modrou energii, která představuje vaši vesmírnou loď. S ní je vaším úkolem sbírat oranžovou energii. Jejím sběrem si doplňujete suroviny, které jednak představují vaše životy a jednak je využíváte, po sesbírání potřebného množství, k používání speciálních zbraní, jako jsou například miny. Těmi můžete odpalovat všudypřítomné meteory, z nichž pak získáváte různé bonusy, jako je vyšší rychlost letu nebo dočasná nesmrtelnost. Hra je rozdělena do několika úrovní a v některých z nich se nachází i boss.