Stejně jako Final Fantasy Tactics, i tato hra je strategickou RPG hrou, kde se střídají příběhové scény s tahovými souboji na izometrické čtvercové mřížce. Opět se vrací "job system", který je zde však limitovaný rasou postavy na určitá primární a sekundární povolání. Novinkou je zde "law system", díky kterému je u každého souboje přítomen soudce, který určuje pravidlo souboje, například nemožnost používat předměty, určité zbraně či kouzla atd. Po propojení dvou konzolí Game Boy Advance je možné bojovat proti sobě a vyměňovat si předměty.

Hra začíná v moderním světě, který velmi připomíná náš reálný svět. Hlavní hrdina Marche je v nové škole, kde se seznámí s několika spolužáky a pozve je k sobě domů. Jeden z nich donese záhadnou knihu, kterou nedovedou přečíst. Netuší však, že se jedná o magickou knihu, která jim vyplní jejich společné přání, aby videohry byly skutečné. Další den se tak Marche probudí ve světě Ivalice, uvědomí si, že se stal součástí hry Final Fantasy a začne pátrat, jak se vrátit domů.