Stvoření zvané Water Entity pohltí svět potopou nebývalých rozměrů. Níže položená města jsou zaplavena, lidé evakuování a země, která zůstala nad vodou, je zamořena monstry. Aby toho nebylo málo, návštěvníci z budoucnosti sdělí našim hrdinům, že ona potopa se udála i v jejich době a stejně tak i minulosti. Je tedy jen na vás, abyste procestovali různé časové linky pomocí úlomků lodi Talon, která umožňuje cestovat časem, a dát tak věci zase do pořádku.

Stejně jako v předešlých dílech, i zde je vaše parta bojovníků rozdělena na různé rasy, přičemž tentokrát se mohou lidé a mutanti v průběhu hry měnit na bestie, monstra, kyborgy nebo roboty a to pomocí konzumace masa z padlých nepřátel nebo užitím různých mechanických předmětů. Další vylepšení vašich hrdinů lze provádět prostřednictvím tzv. magic stones. Souboje pak stále probíhají tahovým způsobem. Vaše parta může obsahovat až 4 postavy, ke kterým se v průběhu hry opět přidávají přednastavené postavy se svou backstory.

V roce 2020 vyšla kompilace všech tří GameBoy dílů pro Nintendo Switch. Krom podpory vyššího rozlišení a ovládání uzpůsobeného dotykovým displejům hra nabízí i quick save a speed boost postavy. Tahle verze následně vyšla i pro PC a mobilní telefony. I třetí díl se následně dočkal kompletního 3D remaku pro handheld Nintendo DS pod názvem Saga 3 Jikū no Hasha: Shadow or Light, bohužel však zůstal exkluzivní pro japonský trh.

Final Fantasy Legend III je poslední díl SaGa trilogie pro Game Boy. Série pokračuje dílem Romancing SaGa pro SNES.