Logický rychlík inspirovaný slavným Tetrisem, v němž se Mario, slavný maskot Nintenda, ujímá lékařské profese. Cílem každé úrovně je zničit všechny viry třech barev (žlutá, červená a modrá), čehož lze docílit vytvářením stejně barevných čtveřic z virů a léčivých pilulek, padajících z vrchu obrazovky. Hráč vyhrává, když zničí všechny viry a naopak prohrává, když naplní obrazovku pilulkami bez možnosti položit další.

Kromě základního singleplayerového režimu a režimu omezeného časem nabízí Dr. Mario i multiplayer pro dva hráče, kteří spolu mohou soutěžit o to, kdo dokáže zničit více virů. Hráči si navzájem mohou škodit tak, že na svém hracím poli zničí více virů zároveň nebo odstartují řetězovou reakci a spustí tak na hrací poli druhého hráče lavinu pilulek.

Série Dr. Mario pokračovala hrou Dr. Mario 64, vylepšeným remakem původní hry pro konzoli Nintendo 64.