Uběhly tři roky od doby, kdy Vincent Valentine pomohl zachránit planetu před zkázou ve Final Fantasy VII. Na městečko Kalm zaútočí neznámá skupina a je to právě Vincent, kdo dokáže jejich útok odrazit. Netrvá dlouho a zjišťuje, že za přepadením stojí organizace Deepground patřící ke společnosti Shinra. Sám Vincent se stane cílem členů Deepground, kteří chtějí získat speciální materii v jeho držení.

Dirge of Cerberus je první střílečkou v sérii Final Fantasy. Hráč ovládává Vincenta z pohledu třetí osoby, i když je možné přepnout i do first-person pohledu. Hra má zároveň lehké RPG prvky jako levelování, možnost úpravy zbraní a vybavování materií dodávajících nábojům různé elementy. Stejně jako v původní se i v Dirge of Cerberus může Vincent proměnit v jiná stvoření s mnohonásobně větší silou.

Japonská verze hry obsahuje i multiplayer, který byl z ostatních vydání odebrán.