V GBA verzi Contra Advance: The Alien Wars EX byly top-down úrovně (Stage 2 a 5) z původní hry nahrazeny klasickými plošinovkovými úrovněmi, které byly převzaty z Contra: Hard Corps. Kromě této změny byly ze hry odstraněny bomby a možnost přepínat mezi dvěma zbraněmi.
Zajímavosti
Verze hry
Ostatní
Hra je obsažena v knize 1001 Video Games You Must Play Before You Die vydané nakladatelstvím Universe Publishing.