Dva a půl roku po konci Bravely Default se konečně schyluje k ukončení sporů mezi Krystalovou Ortodoxií a vévodstvím Eternia. Za ortodoxii mír podepisuje Agnés, která byla po událostech prvního dílu zvolena jejím duchovním vůdcem. Ceremoniál přerušují vládce impéria Glanz, známý pouze jako Kaiser Oblivion, a víla Anne. Agnés je unesena a záchrana padá na Yew Geneolgiu, kapitána její osobní stráže.

Hra převážně přebírá většinu systémů od svého předchůdce a nejdůležitější složkou stále zůstává správné rozložení tahů během boje. Novinkou jsou však upravené vedlejší questy. Hráč je většinou postaven před dilema dvojice postav a musí se rozhodnout, ke komu se ve sporu přidá. Odměnou je mu odemknutí nového povolání patřícího poražené straně.