BoxesWithGuns je akční arkáda v jednoduché 2D grafice. Cílem je přežít nápory neustále se spawnujících nepřátel a nedostat se s nimi do kolize. Celá hra závisí především na hudbě a tak každá skladba udává i délku jedné hry a ovlivňuje sílu střelby, efektů či destrukce, podobně jako ve hře Beat Hazard.

Po dobu hraní lze sbírat virtuální měnu, která se používá k úpravám vaší lodě, přidávaní nových zbraní a jiných upgradů, ulehčujících další hraní.