Během zemětřesení se z podzemí osvobodí zlý Evil Bomber, ukradne Bomber Capsules a získá tak moc. Bomberman ho musí se svými přáteli porazit a získat zpět ukradený majetek. K jeho porážce je nutné projít sedm oblastí rozdělených do šesti úrovní. První čtyři úrovně jsou obvyklé labyrinty ovšem vždy se specifickým úkolem, který je nutné dokončit. V páté úrovni je navíc možné sbíráním diamantů získat pomoc k porážce bosse v následující šesté úrovni. První šest oblastí je rozděleno po třech s možností průchodu v libovolném pořadí. Po porážce bosse lze za získané Capsule pořídit nové schopnosti nebo motorky.

Bomberman GB 3 je závěrečnou částí trilogie Bomberman GB a posledním dílem pro Game Boy. Hra nikdy nevyšla mimo Japonsko, ale existuje neoficiální anglický překlad.