V čtyřicátém prvním miléniu vládne galaxii lidské impérium, které je ve stavu neutuchající války. Božský Císař je kvůli zranění, které utrpěl před deseti tisíci lety, upoután na zlatý trůn, který ho udržuje v trýznivém stavu mezi životem a smrtí. Lidstvo je nuceno čelit nepřátelským mimozemským rasám na všech frontách a zároveň potlačovat vzpoury světů, které jsou podníceny okultisty, kteří se snaží rozsévat do galaxie Chaos a podrývat autoritu. A aby toho nebylo málo, k galaxii se blíží flotila Tyranidů, rasa gargantuovských rozměrů a počtů, jejíž instinkt je pouze pozřít veškerou biomasu.

Prolog nás uvede do hvězdného systému Cadia, který je u vstupu do mlhoviny Oka teroru a slouží jako první linie proti Chaosu. Bohové Chaosu živeni z nemateriálních energií, jako jsou emoce, se neustále snaží zvýšit vliv v naší dimenzi z jejich dimenze zvané Warp. A tak se z časoprostorové trhliny v Oku teroru vynořuje třináctá černá křížová výprava vedená Abaddonem. Cadie je tentokrát pod masivní ofenzívou poražena, celá planeta se rozlomí v polovině po pádu obrovské bitevní stanice a flotile Chaosu tak nestojí v plné invazi na Impérium nic v cestě. V tom se ovšem z warpu vynořuje admirál Spire, který byl po událostech Battlefleet Gothic: Armada se svou vlajkovou lodí uvězněn ve Warpu, a zjišťuje, že v galaxii uběhlo mnoho desítek let a je odhodlaný splnit svoji povinnost Impériu. Spire shromažďuje zbytky lidské flotily roztroušené po mlhovině a snaží se znovu dobýt ztracené systémy a je nucen čelit novým nástrahám, které pro něj galaxie v budoucnosti připravila.

V základní hře lze hrát kampaň za tři rasy, Lidstvo, Tyranidy a starobylou robotickou rasu Necronů. Celá kampaň se odehrává v mlhovině Oko teroru, která čítá přes tucet sektorů. Každý sektor obsahuje několik hvězdných systémů, které v roli velitele hvězdných flotil dobýváte a vylepšujete pro svůj prospěch, to vše v tahovém systému. Samotné vesmírné bitvy se odehrávají v reálném čase na velké mapě, která může obsahovat různé mlhoviny nebo pásy asteroidů, jež lze využít ke skrytí flotily. K dispozici je široká nabídka lodí od eskortních lodí po obrovské bitevní křižníky. Některé slouží jako podpůrné, pro vysílání stíhaček, výsadků nebo bombardérů a některé lodě mají také masivní klín, který slouží k tarantování. Například organické lodě Tyranidů se spoléhají především na výsadky a požírání menších lodí, necronské lodě zase nemají štíty a tak se musí spoléhat na rychlé útoky s pomocí teleportací flotil na krátkou vzdálenost.

Hra obsahuje také multiplayer, ve kterém si lze sestavit flotilu z ras, za které nelze v kampani hrát (Orkové, Aeldaři a říše Tau).