Arcana je japonský krokovací dungeon s tahovými souboji. Hráč může mít v partě až 4 postavy, z nichž jedna je hlavní - Rooks, druhá je elementál a další dvě postavy se různě na základě příběhových událostí v partě střídají, přicházejí a odcházejí. Elementálové jsou celkem 4 - vzduch, voda, oheň a země. Hráč si může kdykoliv jednoho z nich zavolat a ti mu jsou pak nápomocní svou magií dle elmentu, který zastávají.

Hráč se ocitá v roli Card Mastera Rookse, který má zachránit svět Elmen a zabránit návratu zlé císařovny Rimsaly. Ta byla před desetiletími svržena mocnými mágy - Card Mastery - a uvězněna v jiné dimenzi. Zlý Galneon využil nepokojů po jejím svržení, uvrhl zemi do občanské války a zlikvidoval všechny Card Mastery. Ve snaze obnovit zlou moc Rimsaly se snaží přivést císařovnu zpět do země Elmen. Rooks se musí nejprve vycvičit v řemeslu Card Mastera a poté se pokusit Galneona i Rimsalu zastavit.