Závěr trilogie Ar tonelico se odehrává dva a půl roku po konci Melody of Metafalica a sleduje osud Aota, který žije ve světě Sol Cluster u třetí věže Ar tonelico. Na rozdíl od prvních dvou světů zde vládnou tzv. čistokrevní reyvateilové a z lidí chtějí mít pouze své povolné otroky. Aoto zachrání reyvateila Saki, když ji pronásledují neznámí útočníci. Nevědomě se tím zaplete do spiknutí, které rozhodne o osudu nejen jeho světa, ale i celé planety Ar Ciel.

Souboje se odehrávají v reálném čase a hráč může mít v aktivní skupině znovu pouze jednoho reyvateila a tři ochránce. Zpěv se tentokrát posiluje svlékáním bojujících reyvateilů. Vrací se Dive systém, kterým lze odemykat písně a nově také bytosti zvané Hyuma. Ty lze programovat a s jejich pomocí upravovat zpěv reyvateilů. Výsledkem jsou pak různé bonusy dostupné během boje (regenerace zdraví apod.).