V kampani se ujmete role Morgana Blacka, který má za úkol ochránit Maltu před obléháním Turků. Ten se rozhodl poslat Turkům spoustu surovin, aby se stáhli, ovšem Turci tuto nabídku odmítli a jsou rozhodnuti v obléhání pokračovat. Morgan však i s výraznou menšinou vojáků nedá tento ostrov Turkům zadarmo. Příběh je inspirován skutečnou historickou událostí a některé mise odpovídají skutečným bojům.

Stejně jako v minulých hrách ze série Age of Empires budete stavět své město, posílat pracovníky sbírat suroviny (jídlo, dřevo, kameny…) a budovat armádu. Novinkou je tzv. Domovské město, které vám za stavění budov, výcvik jednotek a sbírání surovin dává určité zkušenosti. Ty se potom dají směnit za určitou odměnu, která se poté objeví u centra vesnice.

Kromě hlavní kampaně je ve hře ještě mód zvaný „Skirmish“, v němž jsou připraveny scénáře, ve kterých si volíte mezi několika možnostmi boje, ať už jeden na jednoho nebo dva na dva, případně lze do boje jít i v přesile nebo v oslabení.

Hra se dočkala i neoficiálního českého překladu.