V Zapling Bygone se hráči chopí zeleného bloba na nožkách, který je součástí mimozemského úlové mysli pátrající ve vesmíru po novém domově. Tím by mohla být jedna zdánlivě opuštěná planeta plná trosek dávných civilizací, na níž byl Zapling vysazen, aby připravil teritorium. Jeho zálibou je vysávání mozků svým obětem a sbírání jejich lebek, čímž dokáže ukrást vzpomínky a schopnosti jiných druhů života.

Jedná se o tradiční pixelartovou metroidvanii, jež se svým přístupem k ovládání postavy, stylem boje a herními mechanikami nejvíce inspirovala hrou Hollow Knight. Hráči jsou vrženi do polootevřené mapy představující neprobádanou mimozemskou planetu, která se jim postupně otevírá ruku v ruce s nově nabytými schopnosti. Ty Zapling získává zpravidla poražením bosse a získáním jeho lebky poskytující nové dovednosti. Lebky lze taky osazovat fragmenty různých tvarů, propůjčující různé pasivní schopnosti a výhody. Postupně hráč také nalézá části komiksových panelů, prostřednictvím čehož si sestavuje příběh minulosti planety.