Yoshi's Cookie je logická záležitosť spracovaná v štýle legendárneho Tetrisu. K dispozícii je hracia plocha vo forme mriežky, ktorá sa postupne zaplňuje keksíkmi niekoľkých typov. Cieľom každej úrovne je, samozrejme, vyčistiť ju od všetkých keksíkov. Za týmto účelom je potrebné ovládať kurzor na mriežke, ktorý slúži na otáčanie jednotlivých riadkov - čo je vlastne podobný princíp, na akom funguje Rubikova kocka. Ak jeden riadok alebo stĺpec obsahuje rovnaké typy keksíkov, vymaže sa z mriežky. Občas sa v hre objaví aj keksík v tváre Yoshiho hlavy, pričom ten plní úlohu divokej karty.

Čo sa týka herných režimov, prítomný je ako singleplayerový Action Mode s postupne narastajúcou obtiažnosťou, tak i multiplayerový VS Mode pre dvoch hráčov, využívajúci splitscreen. SNES verzia ponúka aj singleplayerový VS Mode, kde je možné súperiť proti počítaču a takisto aj Puzzle Mode s predefinovanými mriežkami, ktoré je nutné vyčistiť do stanoveného počtu ťahov.