Závěrečná část trilogie Xenosaga začíná několik měsíců po konci Episode II. Shion opustila společnost Vector a stala se součástí skupiny Scientia. Účastní se přehlídky nových zbraní určených k boji s Gnosis. Jednou z nich je i android T-elos. Vzhledem k jejím lepším schopnostem je určena k nahrazení KOS-MOS, která je tímto určena ke zlikvidování. To Shion nehodlá dopustit a vydává se na její záchranu.

VIzuálně se poslední epizoda znovu odklání od těch předchozích a volí střední cestu mezi nimi. Také souboje jsou řešeny tradičnějším způsobem. Odebrány jsou comba a hráč jednoduše volí útoky z nabídky. Pokud se podaří dostatečně zranit nepřítele, ten může vstoupit do tzv. break stavu a značně ho oslabí. Postavy ale mají také ukazatel Boost, který po naplnění umožní dovolí postavě zaútočit dvakrát během jednoho tahu.