Příběh hry Wind's Seed se soustřeďuje na sourozeneckou dvojici Meeny a Otta, kteří mají dar nazvaný Call. Díky němu totiž mohou zaměřit svoji mysl na spirituální energii, následkem čehož dokážou používat magii. Právě tito dva se objeví v jedné vesnici, kde se má konat festival a místní obyvatelé je požádají, aby se vydali do místa zvaného Western Forest, kde mají sesbírat léčivé byliny. Když ovšem na místo dorazí, tak jsou svědky únosu jejich staršího bratra, a tak se vydají ho zachránit.

Hra využívá méně tradiční perspektivy, kdy svět a postavy jsou viděné pohledem z boku. Co už je ovšem klasické pro jRPG, tak jsou náhodné tahové souboje. Ty využívají schopnosti Call, kterou oba hrdinové disponují a je třeba v boji zvýšit úroveň této schopnosti, aby postavy mohly použít silnější kouzlo a porazit své nepřátele. Součástí putování je i návštěva klidných míst, jako jsou města, ve kterých si hrdinové mohou obstarat lepší výbavu a léčivé předměty.